Optimizacija aplikacij sekvenciranja naslednje generacije na aparatu Illumina MiSeq

Trajanje projekta: 1.4.2014 - 30.9.2014

Partnersko podjetje, delovni mentor: KEMOMED d.o.o., Rok Količ

Pedagoški mentor: Uroš Potočnik, Gregor Štiglic

Sekvenator nove generacije, Illumina MiSeq, omogoča številne aplikacije pri analizi DNA in RNA za raziskovalne in diagnostične namene. Nova in kompleksna tehnologija sekvenciranja naslednje generacije (NGS) ponuja možnosti razvoja aplikacij, vendar je glede na zmogljivost tehnologije (analiza sekvence do 15 Gbp v enem eksperimentu) in posledično visokih stroškov posameznega eksperimenta/projekta (običajno od 5000-50000 eur), nujno predhodno skrbno načrtovanje in optimizacija projekta, da se iz posameznega eksperimenta pridobi kar največ uporabnih podatkov za rešitev posameznega problema. Cilj predlaganega projekta je s pomočjo bioinformatskih orodij načrtovanje, simulacija, stroškovno ovrednotenje in optimizacija aplikacij za reševanje konkretnih izbranih bioloških in kliničnih problemov in za izbrane eksperimente tudi izvedba eksperimentov na aparatu Illumina MiSeq in analiza pridobljenih podatkov.

 Cilj projekta je pridobitev kompetenc, znanj in veščin s področja tehnologije sekvenciranja naslednje generacije za študente na vseh bolonjskih stopnjah, za učinkovito usposabljanje pa je glede na interdiscipinarnost tehnologije in aplikacij nujen timski pristop projektne skupine, v kateri sodelujejo študenti iz različnih komplementarnih študijskih programov s področja medicine, biotehnologije, biokemije računalništva in bioinformatike, kar omogoča edino medfakultetna sestava projektne skupine. Praktično delo bo vključevalo laboratorijsko delo, bioinformatske analize podatkovnih zbirk in uporabo računalniških orodij ter urejanje in interpretacijo kliničnih podatkov.

​​​​

​​​​

​​